4.1在签订代建协议时，要明确加大首期工程预付款比例，打破建筑业10%比例的常规做法，代建项目合同金额在5000万元下的，按50%比例收取, 合同金额在5000万元以上的按30%比例收取，首期工程预付款可按工期分摊到每个月的工程进度款中扣除；同时，工程月度进度款按月度投资计划的95%结算，剩余5%的工程款在工程完工后、交付前支付。代建业务管理部门应按代建协议每月及时办理工程请款工作，紧盯工程款到账情况，委托方是地方政府相关部门的，要跟踪、提醒委托方做好财政预算申报工作；
4.2代建工程收款难，大部分是由地方房地产商等私营企业造成的。由于车站商业综合体等代建项目投资额比较大，工期比较长，一般是当地重点、亮点项目，所以在签订代建协议前，城际铁路业主单位应建议由项目所在地的地方政府部门牵头召开专题会议，形成会议纪要，地方政府对代建项目实施中用地、收款等问题给予协调，为以后解决代建项目收款问题争取更多的有利条件；
4.3在签订代建协议时，城际铁路业主单位要提出增加工程款结算的约束条款，注明如委托方未按时支付工程款，城际铁路业主单位有权暂停已完工产品交付使用，直至按协议收回全部工程款，强化收款的主动权。
5.税收政策变动的风险应对策略与建议
5.1认真学习研究税收新政策，重点是灵活把握过渡期政策，梳理过渡期新签的代建项目的情况，需要按老项目管理的代建项目，收集好相关业务背景资料，加强与税务部门沟通，加快做好老项目备案工作；
5.2确实不符合按老项目管理条件的，城际铁路业主单位应及时与委托方沟通，提出调整代建项目工程预算，补足税差；或签订由委托方作为甲方（业主方）、城际项目所在标段施工单位为乙方（施工方）、城际铁路业主单位作为丙方（监督管理方）的三方施工协议，直接由乙方负责代建项目的实施工作，城际铁路业主单位按当地或行业相关规定收取一定比例代建管理费，如《广州市政府投资建设项目代建制管理试行办法》规定，一般投资额小于1亿元，代建管理费按2%收取。
6.代建项目后期管理风险的应对策略与建议
代建项目后期管理风险是代建项目十分重要的风险，也是影响比较长远的风险，需要引起城际铁路业主单位足够重视，做好相关风险的管控工作。
代建项目完工后，形成两类资产：一类是形成委托方的独立资产，如地方政府委托代建的跨线桥等，委托方拥有资产的控制权和使用权等；另一类是形成城际铁路线路、车站等工程项目的一部分，与城际铁路组成整体资产，按实际管理、使用分为两种情况：第一种情况是代建项目完工投入使用后，由城际铁路业主单位统一控制、管理和使用，比如新增城际车站出入口等；第二种情况是委托方只拥有资产的管理权和使用权，如地方政府委托代建的下穿城际线路的市政道路涵洞等。所以，代建项目后期管理风险应根据不同的资产类型、不同的实际情况，研究、制定对应的应对策略。
