税收政策调整带来的风险。在城际项目建设过程中，由于税收政策调整，使代建项目在办理缴税、开票受到较大的困扰，也带来税收的风险。比如2016年3月23日财政部、国家税务总局联合发布《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），建筑业、房地产业、金融业等2016年5月1日起实行“营改增”。建筑业以开工日期在5月1日前、后划分为“老项目”与“新项目”，老项目可以按简易计税方法计税，增值税征收率为3%，与营改增前的建筑业营业税税率3%持平；新项目按一般计税方法计税，增值税税率为11%（2019年4月1日起税率调整为9%）。有些代建项目在5月1日前按3%营业税编制工程概算、预算，正在走签订协议流程阶段，在5月1日后才完成代建协议签订，如按老项目管理，又不符合认定条件，如按新项目管理，按11%增值税率实施，则存在税差问题等。
5.代建项目后期管理风险。代建项目后期管理风险包含项目后期维护风险与安全责任风险两部分。地方政府、房地产商等路外单位委托城际铁路业主单位代建的各种跨线桥、下穿涵洞、车站新增出入口、车站商业综合体等完工后，大部分代建项目组成了城际铁路项目整体的部分，项目投入使用后，如果后期维护的主体或维护费用未明确、安全责任划分不清，这部分代建项目存在后期维护风险与安全责任风险，对城际铁路业主单位的影响是比较长远的，必须引起足够的重视。
四、城际铁路代建项目风险的应对策略与建议
1.代建协议签订前，城际铁路业主单位应加强对委托代建项目设计资料审核，重点是审核代建项目的设计标准是否与城际铁路一致，工程预算是否准确，工期是否合理等，避免产生不必要的争议、纠纷等风险，做好代建项目风险管控的前期工作，是加强代建项目风险管理的首要条件。
2.代建协议不规范，造成无法开具发票的应对策略与建议。
2.1在代建项目施工期内，城际铁路业主单位与委托代建单位可以对原《**项目出资协议》、《**项目合建出资协议》作为框架协议或作废，按标准工程施工协议格式、条款，签订《**项目代建协议书》，据以办理代建项目的《跨区域涉税事项报告表》、纳税申报、预缴税款、开票和申请工程款。
2.2如果超过代建项目施工期，代建项目程已经完工，无法补签《**项目代建协议书》，则城际铁路业主单位与委托代建单位双方进行沟通、协商，将该代建工程款转为城际项目投资款，进行拨付款项，由城际铁路业主方按照相关规定出具资本金证明。
3.代建项目先施工，后签协议，造成无法预缴税款、开具发票的应对策略与建议。按建设会议、协调会议、专题会议等专题会议纪要等文件已开工或已完工的，城际铁路业主单位应尽快组织签订代建协议，将相关专题会议纪要、项目开工证明材料等作为签订代建协议的业务背景资料，证明业务的真实性和已开工的状态性，让税务部门对代建业务有全面的了解，取得税务部门的支持，代建协议的工程完工日期要往后推，以满足办税、开票的时间要求。在今后的代建项目管理中，要加强代建业务流程管理，防范类似风险发生。
